Ակադեմիայի առաջ կանգնած է հանրապետության գիտատեխնիկական պահանջներից, տնտեսության զարգացման առանձնահատկություններից եւ իրական հնարավորություններից բխող ինքնաբավ գիտական համակարգի ստեղծման խնդիրը։
Դա չի նշանակում, իհարկե, արմատական վերափոխման ենթարկել Ակադեմիայի ավանդաբար ձեւավորված կառուցվածքը. հիսունամյա փորձը, ձեռքբերված նշանակալից նվաճումները այն դարձրել են Հայաստանում գիտության կազմակերպման արդյունավետ կենսաձեւ, որից, մեղմ ասած, կասկածելի է հրաժարվել։ Այնուամենայնիվ, գիտակցելով գիտական ամբողջական համակարգի հավասարաչափ զարգացման անհնարինությունը, թերեւս ժամանակն է ճշտել գիտության այն առաջնային (պրիորիտետային) ուղղությունները, որոնք ի վիճակի են ապահովելու հայ գիտական մտքի մրցունակությունը միջազգային ասպարեզում։
Անկախ պետականության վերականգնմամբ Հայաստանը եզակի հնարավորություն է ձեռք բերել ինտեգրացվելու համաշխարհային գիտական համակարգում։ Մեր պարտքն է՝ որքան կարելի է արագ եւ առավելագույնս օգտվել այդ հնարավորությունից։ Այդ առումով ես բավականին հուսադրող եմ համարում Հայաստանի ազգային ակադեմիայի ձեռնարկած քայլերը ԱՊՀ երկրների շրջանակներում գիտական համագործակցության վերականգնման եւ ամրապնդման, ինչպես նաեւ տարբեր երկրների գիտական կենտրոնների հետ նոր կապերի հաստատման ուղղությամբ։
Հաջորդ կարեւոր խնդիրը, որի հրատապությունը վաղուց է գիտակցվում, բայց որն այդպես էլ դեռեւս չի գտել իր բավարար լուծումը, բուհական կրթության եւ ակադեմիական գիտության ներդաշնակման անհրաժեշտությունն է։ Չենք կարող չխոստովանել, որ մեզ առայժմ չի հաջողվել բուհական կրթության համակարգում լիովին օգտագործել Ակադեմիայի մտավոր կարողությունները, եւ հակառակը՝ բուհական գիտությանը հնարավորություն ապա հովել առավելագույնս օգտվելու ակադեմիական հաստատությունների գիտատեխնիկական բազայից, չխոսած այլեւս զուգահեռ կառույցների՝ ամբիոնների, բաժինների, գիտխորհուրդների անհարկի կրկնությունների մասին, որն արդեն պարզապես անիմաստ շռայլություն է։
