1991-ին հանրապետության անկախացումից հետո, հիմնվելով պատմագիտական ավանդույթների վրա, արդեն զերծ գաղափարաքաղաքական կաշկանդիչ պարտադրանքներից, հայ պատմագիտությունն զգալի հաջողություններ է արձանագրել։ Ներդրում են ունեցել ինչպես ավագ սերնդի, այնպես էլ անկախ պետականության օրոք գիտական ասպարեզ մտած երիտասարդ պատմաբանները։
Նոր հիմքերի վրա է դրվել հին և միջին դարերի հայոց պատմության հիմնախնդիրների հայեցակարգային ուսումնասիրությունը։ Լույս են ընծայվել աշխատություններ հնագույն հայկական պետական կազմավորումների (Արամ Քոսյան, Վալերի Խաչատրյան, Արտակ Մովսիսյան, Ռոբերտ Ղազարյան), Վանի թագավորության (Նիկոլայ Հարությունյան, Ա. Մովսիսյան, Երվանդ Գրեկյան), Արտաշիսյան դարաշրջանի Հայաստանի (Ռուբեն Մանասերյան, Ալբերտ Ստեփանյան) վերաբերյալ։ Սիմոն Կրկյաշարյանի թարգմանությամբ լույս են տեսել Քսենոփոնի «Կյուրոպեդիա» (2000), «Սոկրատյան երկեր» (2001), Պլուտարքոսի «Կենսագրություններ» (2001) գործերը։ Վերջինս մենագրություն է հրատարակել Հին Հայատանի պետական կառուցվածքի մասին։
Ուսումնասիրվել են վաղմիջնադարյան Հայաստանի վարչաքաղաքական բաժանումները (Բաբկեն Հարությունյան), եկեղեցի-պետություն հարաբերությունները (Էդուարդ Դանիելյան, Վրեժ Վարդանյան), Աղվանքի պատմության հարցերը (Հենրիկ Ավագյան, Ալեքսան Հակոբյան)։ Հրաչ Բարթիկյանն ուսումնասիրել է հայ-բյուզ. հարաբերությունները։ Հուն-ից հայերեն նրա թարգմանությամբ և աշխատասիրությամբ հրատարակվել է նաև «Պարթենիոս Աթենացու Պաղեստինի Կեսարիայի մետրոպոլիտի պատմություն հունաց և հայոց տարաձայնության» աշխատությունը, որը փաստում է Երուսաղեմի քրիստ. սրբությունների նկատմամբ հայոց պատրիարքության իրավունքները։ Ուսումասիրություններ են կատարվել նաև Արծրունի և Պահլավունի իշխան․ տոհմերի պատմության (Վ. Վարդանյան), Անի մայրաքաղաքի եկեղեցիներին տրված նվիրատվությունների (Գնել Գրիգորյան), գրչության կենտրոնների (Կարեն Մաթևոսյան, Արփենիկ Ղազարոսյան) վերաբերյալ։ Միջնադարյան Հայաստանի պատմության առանձին խնդիրներ են լուսաբանել Պարույր Մուրադյանը, Հայրապետ Մարգարյանը, Արտաշես Շահնազարյանը, Համլետ Թորոսյանը, Գեղամ Կիրակոսյանը և ուրիշներ։
Նոր ուսումնասիրություններ են հրատարակվել Կիլիկիայի հայկական թագավորության պատմության վերաբերյալ (Լևոն Տեր-Պետրոսյան, «Խաչակիրները և հայերը», հ. Ա, Բ, 2005, 2007, Ազատ Բոզոյան, Վահան Տեր-Ղևոնդյան և ուրիշներ)։
Պետրոս Հովհաննիսյանի աշխատասիրությամբ հրատարակվել են Ն. Ադոնցի Հայաստանի հին և միջնադարյան պատմության վերաբերյալ ուսումնասիրությունները, որոնց զգալի մասը մինչ այդ անհայտ էր գիտական շրջանակներին։
Հայաստանի անկախացումից հետո պատմաբանները հնարավորություն են ստացել ազատորեն ուսումնասիրելու խորհրդային տարիներին կողմնակալորեն լուսաբանվող կամ «փակ» համարվող բազում հիմնահարցեր։ Նորովի ուսումնասիրվել են XVII-XVIII դդ-ի (Վալտեր Դիլոյան, Պավլիկ Չոբանյան, Է. Դանիելյան, Արմեն Այվազյան, Արտակ Մաղալյան և ուրիշներ ), XIX դ-ի վերջի և XX դ-ի սկզբի հայ ազատագր. շարժումները (Գալուստ Գալոյան, Հրաչիկ Սիմոնյան, Ազատ Համբարյան, Էմմա Կոստանդյան, Մհեր Կարապետյան, Համբարձում Կարապետյան, Լևոն Մկրտչյան, Հովիկ Գրիգորյան), հայ ավանդ․ կուս-ների՝ ՀՅԴ-ի (Գևորգ Խուդինյան, Համլետ Գևորգյան, Աշոտ Ներսիսյան), արմենականների, ՌԱԿ-ի (Կառլեն Դալլաքյան, Սուրեն Սարգսյան, Արմեն Կարապետյան), ՍԴՀԿ-ի (Գեղամ Հովհաննիսյան) պատմությունները։
Ուսումնասիրություններ են կատարվել նաև Հայկական հարցի վերաբերյալ (Գ. Գալոյան, Նորայր Սարուխանյան, Միքայել Մուրադյան, Արման Կիրակոսյան, Ստեփան Պողոսյան, Արմենուհի Ղամբարյան, Լիլիթ Հովհաննիսյան և ուրիշներ)։ Հրատարակվել են Հայոց ցեղասպանությունը փաստող գերմ. (Ստեփան Ստեփանյան, Վարդգես Միքայելյան), ավստրո-հունգ. (Արտեմ Օհանջանյան), ամերիկյան (Արա Սարաֆյան), ռուս․ (Արմեն Մարուքյան), իտալ. (Արամայիս Բալոյան) փաստաթղթեր։ Մեծարժեք է Յուրի Բարսեղովի
