իսկ 1860—63 թթ. հարել է Սվաճյանի «Մեղուին»։ Նույն թվականներին հրաաարակել է «Հայոց եկեղեցին և Ամերիկայի քարոզիչը» և «Պատասխանի կարևոր հարցման նորին բրիտանական վեհափառության վսեմափայլ դեսպանին» գրքույկները, որոնցից առաջինի մեջ մերկացրել է ամերիկյան միսիոներների կատարած քայքայիչ աշխատանքը հայ իրականության մեջ. իսկ երկրորդով հանդես եկել հայ ժողովրդի ներքին գործերին անգլիական կառավարության ունեցած միջամտության դեմ։
Երբ Նալբանդյանի «Հրաշափառ խայտառակություն» և «Մեղուի» խմբագրին ուղղված «Նամակը» տպագրվում են Սվաճյանի թերթի էջերում և պահպանողական մամուլը սկսում է հարձակումներ անել Նալբանդյանի դեմ, «Մեղուում» (1861, 10 փետրվարի,№ 124) լույս են տեսնում Մատթեոս Այվատյանի «Եկեղեցվո կառավարությունը սահմանադրակա՞ն է, թե միապետական» և Հարություն Սվաճյանի «Չքնաղ հյուրընկալություն» հոդվածները ի պաշտպանություն Նալբանդյանի։ Այվատյանն իր պաշտպանության տակ առնելով Նալբանդյանին Վանցի Պողոսին դատապարտելոլ հարցում, առաջ է քաշում եկեղեցական իշխանությունները ընտրովի դարձնելու, հոգևորականների գործած հանցանքների համար սահմանվող պատիժների որոշման մեջ ժողովրդին մասնակից դարձնելու խնդիրները, հարցեր, որոնց նպատակն էր վերջ տալ պատրիարքարանի ու կրոնական հաստատությունների միանձնյա ղեկավարությանն ու հակաժողովրդական արարքներին։ Բացի սրանից, Այվատյանը իր հոդվածում առաջ էր քաշում սոցիալական հարցեր, հայտարարում, թե «հոգևորականի և աշխարհականի, արուի և էգի, հրեի
և հեթանոսի» մեջ խտրություն չպետք է լինի, որ սխալ է, երբ «իշխանք կամ քահանայք տեր էին ու ժողովուրդը ծառա», որ «Նալբանդյանցին ըսածին պես... մարդիկ հավասար իրավունքով դուրս եկան աստծու ձեռքից» և հավասար էլ պետք է լինեն։ Հիշյալ հոդվածի լույսընծայումից հետո, կրոնական ժողովի որոշմամբ, Կ. Պոլսի պատրիարք Սարգսի հատուկ հրամանով առաջարկվել էր Հովհաննես Չամուոճյան-Տերոյենցին հստակ պատասխան գրել Այվատյանին և հերքել նրա դրույթները:
1861 թ. լույս է ընծայվում Չամուոճյանի «Մ. Մ. Այվատյանին նամակի քննությունը Քրիստոսի եկեղեցվո կառավարության վրա» դիրքը, որտեղ տող առ տող քննության է առնված Այվատյանի հոդվածը: Չամուոճյանն իր գրքում Այվատյանին ներկայացնում էր որպես Նալբանդյանի «սխալ» ճանապարհի վրա կանգնած ու մոլորված մի անձնավորության։ Խոսելով Նալբանդյանի քաղաքական հայացքների մասին նա հարցնում է Այվատյանին. « Մենք այսպես մարդուն հերետիկոս կըսենք, քու լեզվովդ ասոր ի՞նչ կըսեք նե ՝ մեզ ծանուցանելիդ շնորհ կհամարիմ» և խորհուրդ է տալիս նրան, ում ուզում է հետևի, միայն ոչ Նալբանդյանի գաղափարներին, «Միայն թե Նալբանդյանը չըլլա քեզի աստվածաբանության դաստւլ ընտրածդ», — գրում է նա։
Չամուոճյանի գրքից պարզվում է, որ Այվատյանը եղել է «Մեղվականների» կազմակերպության անդամ, որոնց նա կոչում է «դռնամիջյան հերետիկոսների ժողովք»։
Արձագանքելով Չամուոճյանի գրքին. «Արևելյան դար» թերթն իր հերթին հույս է հայտնում, որ «հերձվածողական ձայներու տգիտաբար արձագանք եղած Մ. Այվատյանը Տերոյենց մեծանուն պատվելին հանած քննության տետրակեն համոզվելով կճանաչնա իր սխալը» (տե՛ս «Արևելյան դար», 1861, № 12)։ Սակայն Մատթեոս Այվատյանը ոչ միայն ետ չընկրկեց պայքարից, այլ 1862 թ. «Մեղուի» ապրիլի 10-ի համարում (№ 158) բողոքեց Չամուոճյանի դեմ և պահանջեց ոչ թե հայհոյություններով լեցուն անիմաստ պատասխաններով հանդես գալ, այլ գիտական ճիշտ հերքումներով, իոկ թե անկարող է, «լեզուն իրեն քաշելով տեղը ծանր նստի, ապա թե ոչ՝ գիտնա որ վերջին անգամ բերանը քաշելու պես կպատռեմ։ Ինչ ըսել ուզելս ինք կհասկնա»։
